L'EMSOME est composé de cinq divisions :
- la division appui au commandement (DAC) ;
- la division études et rayonnement (DER) ;
- la division plans-synthèse outre-mer (DIV PS OME) ;
- la division formation au service hors métropole (DF SHM) ;
- la division pôle muséal et culture d'arme.