L'EMSOME est composé de cinq divisions :

• la division appui au commandement (DAC) ;
• la division études et rayonnement (DER) ;
• la division plans-synthèse OME (DIV PS OME) ;
• la division formation au service hors métropole (DF SHM) ;
• la division pôle muséal et culture d'arme.